Pandemi Covid-19 tidak serta merta menghentikan kegiatan PBM dan  ekskul di SMK Negeri 5 Batam secara menyeluruh. Kepala Sekolah SMK Negeri 5 Batam, menyadari bahwa pendidikan di SMK merupakan pendidikan vokasi, maka ia mengeluarkan kebijakan agar PBM di SMK N 5 Batam tetap berlangsung, namun mengikuti protokol kesehatan yang ketat. Bgeitu juga, dengan kegiatan ekskul musik di SMK Negeri 5 Batam. Kegiatan ekskul Musik, tetap berjalan namun hanya diikuti oleh beberapa siswa, guna tetap meghindari kerumunan dan kontak fisik antar siswa.

Ekskul musik, bertujuan untuk mengembangkan bakat dan minat siswa/siswi SMK Negeri 5 Batam di bidang seni, khususnya di bidang musik. Siswa yang memiliki bakat menyanyi, bakat bermusik akan diasah dan dikembangkan di ekskul musik SMK Negeri 5 Batam. Ekskul Musik juga bertujuan untuk menambah softskill yang dimiliki oleh siswa, selain kemampuan produktif jurusannya masing-masing. Kemampuan bermusik tersebut, bisa bermanfaat bagi siswa/siswi SMK Negeri 5 Batam di hari kelak, untuk bergaul di masyarakat dan untuk beradaptasi di lingkungan baru.

Saat ini, ekskul musik di SMKN 5 Batam, ditopang oleh tempat yang cukup luas, alat musik yang memadai. Agus Sahrir, selaku kepala sekolah memberikan dukungan penuh untuk semua kegiatan ekskul yang ada di SMK Negeri 5 Batam. Prestasi terakhir ekskul musik SMK Negeri 5 Batam adalah menjadi pengisi acara dalam pembukaan LKS antar Provinsi Kepulauan Riau yang diadakan di Hotel Golden View, Bengkong Batam, tahun 2019.