Sudah dua tahun belakangan ini jurusan Teknik Pemesinan Kapal menjalankan sistim pembelajaran berbasis  Teaching Factory ( TEFA ), yang pada tahun-tahun sebelumnya hanya mengacu pada sistem blok dua kelompok belajar dalam satu rombel. Jika pada sistem blok dua kelompok belajar dalam satu rombel di ajarkan oleh dua orang guru dengan mata pelajaran yang berbeda dan jumlah siswa yang diajarkan adalah setengah dari jumlah keseluruhan pada masing-masing mata pelajaran, maka perbedaan proses pembelajaran yang sangat signifikan adalah jumlah siswa yang diajarkan oleh masing-masing guru hanya beberapa orang saja ditiap-tiap mata pelajaran yang berbeda. Misalkan saja untuk kelas dua belas (XII) jumlah siswa tiga puluh dua orang dan mata pelajaran produktif ada empat, maka pelaksanaannya adalah tiap-tiap mata pelajaran hanya ada delapan orang siswa dengan guru yang mengajar berbeda pada hari itu juga. Dengan sistem pembelajaran berbasis TEFA diharapkan siswa-siswi lulusan SMK Negeri 5 Batam khusunya jurusan Teknik Pemesinan Kapal memiliki pengetahuan, keterampilan, dan skil yang bersaing dan diserap oleh dunia usaha dunia industri.