Setelah diterbitkan edaran oleh Menteri Pendidikan dan Kebudayaan tentang kebijakan PBM selama Covid 19, Agus Sahrir selaku kepala sekolah langsung mengambil sikap tetang kelangsungan PBM di SMK Negeri 5 Batam. Agus Sahrir, menetapkan pelajaran praktek di SMK Negeri 5 Batam secara tatap muka di sekolah, sementara pembelajaran normatif dan adaptif tetap dilaksanakan dengan cara Daring (Pembelajaran jarak jauh). Siswa/siswi yang datang ke sekolah untuk menyelenggarakan pembelajaran praktek, dibagi per kelompok, agar tetap menghindari kerumunan dan kontak fisik yang terlalu banyak.

Protokol kesehatan yang ketat diterapkan di SMK Negeri 5 Batam, untuk memastikan keluarga besar SMK Negeri 5 Batam sehat dan aman dari virus Codi-19. Di Gerbang SMK Ngeri 5 Batam, sudah disediakan “Bilik Sterilisasi” untuk memastikan suhu tubuh semua orang yang berkunjung di SMK Negeri 5 Batam, dalam keadaan normal.  Bilik tersebut dijaga oleh security SMK Negeri 5 Batam. Security yang menjaga bilik sterilisasi, akan menyuruh pulang siswa maupun guru yang suhu tubuhnya di atas suhu normal.

Di dalam bilik tersebut, juga disediakan Thermogun Otomatis untuk mengukur suhu tubuh. Semua pengunjung SMK Negeri 5 Batam, yang ingin memasuki kawasan SMK Negeri 5 Batam, wajib melakukan pengecekan suhu di dalam bilik sterilisasi, agar lingkungan SMK Negeri 5 aman dari wabah covid-19. Dengan adanya pengecekan suhu tubuh di Bilik Sterilisasi, bagi semua pengunjung di SMK Negeri 5 Batam, mudah-mudahan SMK Negeri 5 Batam terbebas dari penyebaran virus Covid-19.